اندیشکده مرصاد، مجموعه‌ای حوزوی و با پسزمینهای از دغدغه‌ها و افکار نسل جدید انقلاب اسلامی است. قاطبۀ حوزویان انقلابی نسل جدید دغدغههایی از جنس تحول حوزه و کشاندن پای آن به صحنههای مختلف اداره جامعه، جاری کردن اندیشه اسلامی در روندهای اجتماعی و تمدنی دارند. اما آنچه بالفعل اندیشکده مرصاد را در میان این طیف متمایز می‌کند گزینش‌هایی منحصربه‌فرد است که در زمینۀ انتخاب «لایۀ شناختی»، «مخاطب» و «محصول» انجام داده است و عناصر ثابت و هویتی آن محسوب می‌شوند.
| نام گروه | محورها و موضوعات |
| کارگروه خلیج فارس | |
| کارگاه شمال آفریقا | |
| میز عراق و شامات | |
| میز شبه قاره | دیپلماسی مذهبی |
| میز ترکیه و قفقاز | همگرایی اسلام گرایان سیاسی |
| واحد مطالعات بنیادی | حوزه راهبر |